B.J. Habibie merupakan anak keempat dari delapan bersaudara, pasangan Alwi Abdul Jalil Habibie dan R.A. Tuti Marini Puspowardojo. Ayahnya yang berprofesi sebagai ahli pertanian yang berasal dari etnis Gorontalo, sedangkan ibunya dari etnis Jawa.
Alwi Abdul Jalil Habibie (Ayah dari B.J. Habibie) memiliki marga "Habibie", salah satu marga asli dalam struktur sosial Pohala'a (Kerajaan dan Kekeluargaan) di Gorontalo. Sementara itu, R.A. Tuti Marini Puspowardojo (Ibu dari B.J. Habibie) merupakan anak seorang dokter spesialis mata di Jogjakarta, dan ayahnya yang bernama Puspowardjojo bertugas sebagai pemilik sekolah.
Marga Habibie dicatat secara historis berasal dari wilayah Kabila, sebuah daerah di Kabupaten Bone Bolango, Provinsi Gorontalo. Dari silsilah keluarga, kakek dari B.J. Habibie merupakan seorang pemuka agama, anggota majelis peradilan agama serta salah satu pemangku adat Gorontalo yang tersohor pada saat itu. Keluarga besar Habibie di Gorontalo terkenal gemar beternak sapi, memiliki kuda dalam jumlah yang banyak, serta memiliki perkebunan kopi. Sewaktu kecil, Habibie pernah berkunjung ke Gorontalo untuk mengikuti proses khitanan dan upacara adat yang dilakukan sesuai syariat islam dan adat istiadat Gorontalo.
B.J. Habibie menikah dengan Hasri Ainun Besari pada tanggal 12 Mei 1962 di Rangga Malela, Bandung. Akad nikah Habibie dan Ainun digelar secara adat dan budaya Jawa, sedangkan resepsi pernikahan digelar keesokan harinya dengan adat dan budaya Gorontalo di Hotel Preanger. Ketika menikah dengan Habibie, Ainun dihadapkan dengan dua pilihan, memilih untuk tetap bekerja di rumah sakit anak-anak di Hamburg atau berperan serta berkarya di belakang layar sebagai istri dan ibu rumah tangga. Setelah berdiskusi dengan Habibie, Ainun pun akhirnya memilih opsi yang kedua. Dari pernikahan keduanya, Habibie dan Ainun dikaruniai dua orang putra, yaitu Ilham Akbar Habibie dan Thareq Kemal Habibie.
Namun Sayang Pada Tanggal 22 Mei 2010 Pukul 17.35 waktu München, Jerman, Ainun meninggal dunia setelah melewati masa kritis sekitar 1 hari di mana hidupnya ditopang oleh alat , enazah Hasri Ainun Habibie diberangkatkan tanggal 24 Mei 2010 dari Jerman dan tiba di Jakarta pada tanggal 25 Mei 2010 kemudian dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata hari itu juga.
Duka yang sangat mendalam tentu saja sangat di rasakan oleh Bapak B.J. Habibie sampai- sampai Beliau berpesan bila beliau Wafat ingin di Makamkan bersebelahan dengan Pusaran makam Ainun.
Tepat pada Rabu Tanggal11/9/2019, sekitar pukul 18.03 WIB, di RSPAD Gatot Subroto , Bacharuddin Jusuf Habibie (BJ Habibie) meninggal dunia , Jakarta. Presiden RI ketiga tersebut dimakamkan di TMPN Kalibata, Jakarta Selatan,
Untuk Pak Habibie .. Terimakasih atas jasa jasa mu selama ini dan terimakasi telah mengajarkan tentang kesetiaan bertahan padasatu hati. terimakasih telah mengajarkan mencintai seseorang walau sudah tidak bersama dalam satu dunia. kini Bapak telah bahagia karna sekarang Bapak sudah bertemu dengan Bu Ainun di Surga sana..
Sumber", https://tirto.id/ehZh